在中国，社会保险缴费通常以员工工资收入为基础计算，并受当地主管部门公布的缴费基数上限和下限限制。根据《中华人民共和国社会保险法》，用人单位应当自行申报并按时足额缴纳社会保险费，职工个人应缴部分由用人单位代扣代缴。同时，国家统计局《工资总额组成的规定》明确，工资总额通常包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资。

在实务中，企业通常会在每年7月左右，根据当地主管部门公布的年度社保缴费基数上下限，对员工的社保缴费基数进行年度调整。员工个人缴费基数一般以其上一年度月平均工资为基础确定，并受当地缴费基数上限和下限限制。因此，公司在年度基数调整期间，应及时复核员工工资、奖金、津贴补贴等薪酬数据，确保社保申报基数与员工实际工资性收入及当地政策要求保持一致。

如果公司仅以员工基本工资作为社保缴费基数，未将奖金、补贴或其他工资性收入纳入考虑，而员工实际应税收入明显高于社保申报基数，则可能导致工资表、个人所得税申报数据与社保申报数据之间存在较大差异，并带来一定合规风险。相关差异在主管部门检查、员工投诉或社保数据比对过程中，可能被要求说明原因，甚至可能涉及补缴社会保险费、加收滞纳金或其他整改要求。请注意即使员工和公司之前有签署按照最低的基数来缴纳社保的协议，在劳动仲裁的判定中，这样的协议也是不会作为参考的。

因此，建议公司定期复核现行人力资源及薪酬管理流程，重点关注实际薪酬高于申报缴费基数的员工，特别是奖金、补贴或绩效收入占比较高的人员。同时，公司应持续关注当地年度社保缴费基数通知，结合工资表、个税申报记录和社保申报数据进行交叉核对，并妥善保存社保基数确定依据及内部审批资料，以支持后续合规检查或审计复核。

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